Existe pouco conteúdo na internet que fale a respeito de organização de
pastas para desenvolvimento. Eu irei explicar o que eu costumo utilizar para desenvolver meus sistemas. Primeiramente como uso o XAMPP, deixo meus projetos dentro da pasta htdocs.

Então cada site possui uma pasta dentro da pasta htdocs.

Ex: H:\xampp\htdocs\sitedofulano
H:\xampp\htdocs\sitedociclano
H:\xampp\htdocs\sitedobeltrano

Cada site possui sua estrutura, bem como sites em flash são diferentes de sites feitos em html e css. Com certeza eles não terão a mesma estrutura de pastas. A estrutura abaixo é para sistemas feitos com html e php.

Ex: na pasta do sitedofulano existem 2 pastas:

Estrutura 1

A pasta /www guardará todo o conteúdo do site e a pasta documentacao, armazenará toda documentação do site, senhas do servidor mysql, senha de administradores, ftp, configurações, imagens cedidas pelo cliente, tudo que for informação do cliente para o site e documentos do site do seu cliente você colocará dentro desta pasta.

Isso é bom pois quando for enviar o conteúdo html para a hospedagem, você enviará somente o conteúdo da pasta /www

Na pasta www, temos mais outras pastas que fará a separação de conteúdo da animação, dos scripts, dos estilos, etc.

Abaixo tem uma imagem das pastas que costumo usar: class, flash, javascript, css, functions, includes, docs, images.

Pastas de um projeto simples

/class: é a pasta que deve conter todas as classes do seu projeto
/flash: é a pasta que armazenará os arquivos em flash do projeto
/javascript: Todos os scripts do site ficarão dentro desta pasta
/css: esta pasta é responsável por guardar as folhas de estilos do projeto
/functions: responsável por armazenar as funções do projeto
/includes: os arquivos que serão inclusos no site serão guardados dentro desta pasta
/docs: documentos de texto, pdf, entre outros arquivos estarão aqui nesta pasta
/images: guardará todas as imagens do site

Esta é geralmente a que eu uso, outras pessoas adicionam pastas para cms, uploads, xml, entre outras. Eu listei a mais simples para desenvolvimento.

Outra coisa a se falar é a nomeclatura dos arquivos, mantenha sempre um padrão, até mesmo para auxiliar no desenvolvimento de um projeto grande ou com grande quantidade de arquivos.

EX: jQuery.edit-in-place.js
jQuery.gallery.js
mootools.edit-in-place.js
mootools.galery.js

E você que estrutura usa?